CT與核磁共振是兩種完全不同的檢查方法：1、二者的成像原理不同，CT利用的是X射線進行成像，而核磁共振利用的是體內的氫原子核在外加磁場的作用下運動進行成像，所以前者有輻射，后者沒有輻射。2、適用范圍不同，CT的使用范圍更加廣泛，除孕婦和不能配合的人群外基本上都可以做，但是更適合于呼吸系統(tǒng)、消化系統(tǒng)，以及外傷患者。而核磁共振它的適用范圍相對小一些，對體內有金屬異物、不能配合檢查的患者都是不能做，但是更適合于神經系統(tǒng)、軟組織，以及婦科疾病。3、價格不同，CT更便宜，一個部位在100-200元之間。而核磁的價格相對高，一個部位在400-600元之間。

核磁共振的檢查是在比較大的磁場當中進行的，因此在磁場當中導致功能紊亂的裝置帶進去是不可以的，如果安裝人工起搏器或者神經刺激器是絕對禁忌的。 還有就是患者如果身體里面有金屬異物，或者金屬的材質是曾經做過某些手術，比如心臟瓣膜置換手術的患者也都不建議去做核磁共振。 同時有些病情比較嚴重的患者，比如昏迷、躺不下來患者沒有辦法堅持長時間檢查的都不建議做核磁共振檢查。