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瘧疾是比較常見的疾病。全球大部分熱帶地區(qū)都有發(fā)生，惡性瘧原蟲引起的疾病負擔最大，其次是間日瘧原蟲。惡性瘧原蟲主要分布于撒哈拉以南非洲、新幾內(nèi)亞、伊斯帕尼奧拉島(海地和多米尼加共和國)；間日瘧原蟲則更常見于美洲和西太平洋地區(qū)。在印度次大陸、東亞和大洋洲，惡性瘧原蟲和間日瘧原蟲的流行程度大致相同。

三日瘧原蟲不常見，但在大部分流行地區(qū)都存在，尤其是撒哈拉以南非洲地區(qū)。卵形瘧原蟲較少見，尤其是在非洲以外地區(qū)更罕見，占比不到1%。研究者通過分子學方法在馬來西亞、菲律賓、泰國和緬甸發(fā)現(xiàn)了諾氏瘧原蟲，形態(tài)與三日瘧原蟲相似。

中國自2016年8月以來未發(fā)現(xiàn)一起本土感染的瘧疾病例。目前防控重點均為輸入型病歷。