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目前克羅恩病的病因尚不明確，認為是多因素綜合作用的結(jié)果，包括環(huán)境、免疫以及遺傳因素，具體如下：

1、遺傳因素：大量研究顯示，克羅恩病患者親屬患病率要高于一般人群，同卵雙生患病率高于雙卵雙生，科學家也發(fā)現(xiàn)不少易感基因；

2、環(huán)境因素：吸煙和感染可能也是誘發(fā)因素，因為吸煙會增加克羅恩病發(fā)病率，部分患者戒煙之后，克羅恩病癥狀能緩解。同時又因為克羅恩病與沙門菌或腸結(jié)核等細菌感染有類似癥狀，所以可能感染也是一種病因，但是目前沒有發(fā)現(xiàn)確切的病原體；

3、免疫因素：一般會發(fā)現(xiàn)克羅恩病患者腸黏膜免疫系統(tǒng)存在紊亂，病理上類似遲發(fā)性變態(tài)反應(yīng)，血清中也能檢測出多種抗體。