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電鏡檢查為腎活檢病理中不可缺少的重要組成部分，可用于觀察腎臟病理改變的超微結構，如基底膜厚度、足細胞的變化，以及電子致密物的沉積部位、沉積方式等。另外，電鏡還可診斷部分特殊的腎臟疾病，如甲髕綜合征、早期淀粉樣變性病、膠原Ⅲ腎病、輕鏈病、重鏈病等。同時，電鏡在鑒別薄基底膜腎病與Alport綜合征時可起到決定性作用。