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腸道菌群失調(diào)時(shí)腸道環(huán)境被打破，腸道本身會(huì)出現(xiàn)癥狀，如大便習(xí)慣改變、腹脹，也可能會(huì)出現(xiàn)其他系統(tǒng)問(wèn)題。但腸道菌群失調(diào)與疾病之間的關(guān)系尚不明確，若確定某種細(xì)菌與疾病有關(guān)，則可能是感染性疾病，而非腸道菌群失調(diào)。

較為明確的腸道菌群失調(diào)引起的疾病，是抗生素相關(guān)性腹瀉，部分嚴(yán)重感染患者在大量應(yīng)用抗生素以后，不僅殺滅病變部位的致病菌，同時(shí)也可能殺滅腸道內(nèi)正常存在的菌，從而造成腸道菌群紊亂，引起嚴(yán)重的頑固性腹瀉。腸道正常菌群環(huán)境破壞以后，難辨梭狀芽孢桿菌等機(jī)會(huì)感染菌會(huì)在菌群紊亂的情況下引起腸道疾病。