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病毒性腦炎為病毒侵犯神經(jīng)細胞引起炎癥、水腫、壞死等改變，多數(shù)屬于自限性疾病。病情輕重不等，輕者可自行緩解不會留下任何神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥。少數(shù)病情危重患者，尤其單純皰疹病毒腦炎者，可以出現(xiàn)腦實質(zhì)嚴重受損、預(yù)后較差，多數(shù)可遺留神經(jīng)及精神異常，也可出現(xiàn)運動障礙、癲癇、視覺、聽覺功能受損及智力低下、反應(yīng)遲鈍，易導(dǎo)致死亡或遺留嚴重后遺癥。

此外病毒性腦炎預(yù)后還與多種因素相關(guān)，如病情嚴重程度、患者自身免疫力及治療及時與否，越早治療預(yù)后越好。同時感染的病毒不同，病情嚴重程度也不同，所以預(yù)后因人而異。