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真菌性角膜炎主要以早發(fā)現(xiàn)、早治療為治療原則，治療方法如下：

1、藥物治療：藥物治療以滴眼液的局部滴眼為主，而滴眼液包括丙烯類滴眼液與咪唑類滴眼液。目前效果較佳的多烯類滴眼液為納他霉素滴眼液，因為納他霉素對角膜的滲透性較佳，所以納他霉素為目前抗真菌效果最佳的藥物之一，但是使用納他霉素之前需要對角膜的病灶進行清創(chuàng)，即醫(yī)生于顯微鏡下對角膜病灶進行清創(chuàng)，方可開始使用納他霉素滴眼液。咪唑類滴眼液亦可以用于局部滴眼，而且咪唑類藥物具有可作用于全身的口服劑型，以及供靜脈注射的劑型，但是其使用周期相對較長且效果略差；

2、手術治療：對于較小的淺表感染灶，患者可以進行局部的淺表性清創(chuàng)。如果病變發(fā)展至角膜后彈力層，需要進行板層的角膜移植。病情嚴重的真菌性角膜炎患者可并發(fā)真菌性眼內(nèi)炎，進而導致眼球不保，最終需要進行眼球摘除。