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先天性甲狀腺功能減低癥分為暫時性和永久性。大部分先天性甲狀腺功能減低癥，在正規(guī)治療2-3年后都可以停藥，約8%的兒童需終生服藥。先天性甲低患兒的預(yù)后主要取決于治療的早晚、初始治療左旋甲狀腺素的劑量、3歲以內(nèi)的維持治療的依從性等因素。先天性甲低患兒如能在出生2周內(nèi)，開始足量劑量治療，大部分患兒的神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和智力水平可接近正常。

新生兒篩查發(fā)現(xiàn)的甲低患兒，經(jīng)過早期治療預(yù)后多數(shù)良好。晚發(fā)現(xiàn)、晚治療的患兒，體格發(fā)育有可能逐步趕上同齡兒童，但神經(jīng)、精神發(fā)育遲緩不可逆。嚴重的先天性甲低即使早期治療者，仍有神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥的風險。部分治療延遲者，即使智力發(fā)育落后不明顯，也有可能存在不同程度聽、說、操作以及認知反應(yīng)方面的缺陷。