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CT和核磁共振相比較，CT對身體有危害，但這個危害不是很大，CT的檢查過程中會對身體造成輻射，輻射劑量不高，每次檢查大概在幾毫西弗左右，遠遠低于放射工作人員規(guī)定的每年50mSV以下。
核磁共振檢查對身體沒有輻射傷害，整個檢查過程中會有一些噪聲。核磁共振檢查雖然沒有輻射，但是會有一些禁忌癥，比如有嚴重幽閉恐懼癥的患者，以及有心臟起搏器、心內導管支架的患者，都不可以做磁共振檢查。