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肺結核和支原體肺炎兩者是完全不同的疾病，肺結核是由結核分枝桿菌感染肺組織而引起的，具有傳染性，屬于傳染性疾病，而肺炎支原體感染肺組織形成的支原體肺炎，具有一定的傳染性，但不屬于傳染病。
另外，臨床癥狀也稍有不同，肺結核多有結核的中毒癥狀，例如午后低熱、盜汗、消瘦、納差、乏力，同時可以伴有咳嗽、咳痰、咯血、胸痛等不適。
如果出現(xiàn)其他部位的結核，可以產(chǎn)生相應的臨床表現(xiàn)，而肺炎支原體感染形成的支原體肺炎多以干咳為主，部分患者可以出現(xiàn)低熱、盜汗以及四肢關節(jié)疼痛等臨床表現(xiàn)。
治療上也有不同，肺結核多需要予以抗結核藥物規(guī)范長期治療，療程通常需要6-9個月甚至是更長的時間，支原體肺炎多需要選擇敏感的抗生素抗感染治療，療程多在2-3周。