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一般賁門(mén)癌并不是一種遺傳性疾病，即使父母患有賁門(mén)癌，子女也不一定會(huì)得肛門(mén)癌，但是在賁門(mén)癌的發(fā)病原因和發(fā)病機(jī)制當(dāng)中，仍然存在著一些遺傳因素的影響。有研究發(fā)現(xiàn)賁門(mén)癌的發(fā)生具有一定的家族聚集的傾向，這可能與共同的飲食習(xí)慣和生活環(huán)境有關(guān)，同時(shí)遺傳因素也占有重要的地位。
有賁門(mén)癌家族史的人患有賁門(mén)癌的幾率也明顯的高于普通的人群，賁門(mén)癌的家族聚集傾向，通常認(rèn)為與血緣關(guān)系關(guān)系更大，之后才是共同生活史。在賁門(mén)癌的病人當(dāng)中，可以檢測(cè)到癌基因的異常激活和抑癌基因的失活，這些都可能會(huì)導(dǎo)致賁門(mén)癌。