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單純皰疹屬于皰疹病毒科A病毒亞科，根據抗炎性的差別，目前分為1型和2型,。1型主要是由口唇病灶獲得，2型主要是生殖器病灶。這種1型和2型之間主要是2個的基因組織，相似的序列有50%的同源性，主要是通過DNA限制性內切酶分析來區(qū)別。單純皰疹2型主要是生殖器皰疹的病原，一旦感染以后患者將終生攜帶這種病毒，并且周期性的出現(xiàn)生殖器皰疹的一些皮損。單純皰疹2型還會增加HIV傳播的風險，所以沒有針對性治療的這種疫苗出現(xiàn)，還有就是單純皰疹2型有人認為還與宮頸癌有關系。