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自身免疫性腦炎的病因，是由于自身免疫機制介導的神經(jīng)細胞損害，所導致的腦實質炎癥。一般分為神經(jīng)元細胞、自身免疫性腦炎和神經(jīng)膠質細胞自身免疫性腦炎，以神經(jīng)元細胞自身免疫性腦炎最為常見。在發(fā)病的誘因中，腫瘤因素、感染因素、遺傳因素，都起到了重要的作用。腫瘤因素與自身免疫性腦炎密切相關，尤其是NMDA受體腦炎，常常合并惡性腫瘤，最常合并卵巢的畸胎瘤。
感染因素也與自身免疫性腦炎的發(fā)生有關，許多中樞神經(jīng)系統(tǒng)的炎癥，或者免疫性疾病，都與自身免疫性腦炎有關。比如比較常見的EB病毒感染，以及單純皰疹病毒感染、兒童鏈球菌感染，都與自身免疫性腦炎有一定關系。而且中樞神經(jīng)系統(tǒng)病毒感染，還可以誘發(fā)自身免疫性腦炎，尤其是單純皰疹病毒腦炎最為多見。遺傳因素在自身免疫性腦炎中，也起到了一定的作用，尤其是發(fā)現(xiàn)了各種人類白細胞抗原的相關位點，與自身免疫性腦炎的發(fā)生有關。