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第二代試管嬰兒的缺點(diǎn)，主要是來自于胚胎操作層面。由于第二代試管要在體外，將單個(gè)精子選擇以后進(jìn)行制動(dòng)，也就是用外力的因素將活動(dòng)的精子不活動(dòng)，所以對(duì)精子有一些損傷。同時(shí)對(duì)卵母細(xì)胞而言，由于要用注射針將卵母細(xì)胞刺破，對(duì)它的細(xì)胞器可能會(huì)有微觀上的損傷。雖然第二代試管嬰兒出生到世界上以來有30多年的時(shí)間，但是是否有長期的影響還有待時(shí)間來進(jìn)行驗(yàn)證，需要幾十年甚至上百年的時(shí)間進(jìn)一步進(jìn)行驗(yàn)證，雖然現(xiàn)在他們?cè)谌巳褐懈胀ㄈ藳]有太大的差別。
另外，第二代試管常用來做胚胎植入前遺傳學(xué)篩查的授精方法，所以第二代試管這種胚胎要進(jìn)行冷凍，因?yàn)橐却z傳學(xué)篩查或者診斷的結(jié)果，所以在體外培養(yǎng)的時(shí)間相對(duì)第一代試管來說要長，還要經(jīng)歷冷凍、解凍、復(fù)蘇等過程，所以對(duì)胚胎培養(yǎng)的實(shí)驗(yàn)室條件要求相對(duì)比較高。也就是存在一些風(fēng)險(xiǎn)因素，在體外培養(yǎng)的過程中，胚胎培養(yǎng)的環(huán)境穩(wěn)定性要達(dá)到一定程度才能夠保證它的安全。
所以第二代試管的缺點(diǎn)主要存在上面幾個(gè)方面，但是第一代和第二代由于有不同的適應(yīng)癥，女性不必太在意第二代試管的缺點(diǎn)，因?yàn)閷?duì)于醫(yī)生所選擇的授精方式，是由夫妻雙方的條件決定。