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腎盂腎炎常見的致病菌為大腸埃希菌，可以占到80%以上。還可以由于復雜性的尿路感染而導致致病菌發(fā)生改變，如反復的尿路結石、尿路梗阻以及導管相關性感染，還有機體抵抗力低，有糖尿病、惡性腫瘤的患者等。
另外，如果合并有變形桿菌、產氣桿菌、克雷伯肺炎桿菌、銅綠假單胞菌，個別患者也可以有真菌感染和滴蟲感染等。有時對于全身感染合并有腎盂腎炎的患者，以球菌多見，如金黃色葡萄球菌。