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腸鏡能夠查到結腸炎和直腸炎，但小腸炎不能查到，小腸炎需要小腸鏡或膠囊內鏡檢查。腸鏡一般指纖維結腸鏡，可以檢查肛管、直腸、乙狀結腸、橫結腸、盲腸，這些部位的炎癥、潰瘍、息肉、腫瘤，都可以通過腸鏡檢查直觀的觀察到，并可以進行病理取材活檢，以及給予腸鏡下的微創(chuàng)治療。
對于空腸、回腸及十二指腸下段無法檢查，胃鏡也無法顯示，需要借助小腸鏡或膠囊內鏡檢查來完成。膠囊內鏡安全、方便，但無法行病理活檢，當患者有腹部癥狀時，除胃鏡、腸鏡、小腸鏡、膠囊內鏡，還可以進行腹部CT、全消化道鋇劑造影，對于比較嚴重的占位病變、胃腸腔外的結構組織，以及胃腸蠕動功能，都有比較好的輔助意義。