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確診結腸癌，最主要的是做結腸鏡檢查，做結腸鏡檢查時用活檢鉗取一塊腫瘤組織，進行病理科的病理檢查，這樣就可以確診。
有些結腸癌患者，通過一次腸鏡檢查可能無法確診，因為結腸癌的腫瘤就像桃子一樣，有些桃子里面已經壞了，但表面還沒有壞，所以用結腸鏡去鉗夾時可能會夾到腫瘤表面，也就是桃子表面，可能還沒有進入到腫瘤組織。所以有時通過臨床經驗或者是CT檢查，若覺得可疑為結腸癌，可能還需要反復的通過腸鏡去取標本，進行多次的病理檢查，這樣才能夠增加或者提高確診率。