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脊索瘤治療沒有明確的靶向治療藥物，因為脊索瘤不管采用哪種治療方式，預后總是不能讓人滿意。
目前藥物治療方案主要是采用的伊馬替尼，伊馬替尼是一種酪氨酸激酶抑制劑，具有抗腫瘤效應，對于脊索瘤的治療可能具有一定的幫助。
但是，脊索瘤大的治療原則依然是以手術治療為主，同時建議手術之后輔以放射治療。
在放射治療方面，目前認為質子束療法可能比單純的放射治療更為有效，因為質子束治療的放射劑量可能效果更明顯。
脊索瘤手術之后的患者很容易復發(fā)，大多數患者在術后2-3年之內發(fā)生，復發(fā)是導致患者死亡最主要原因。
因此，對于進行過手術治療的患者或者保守治療的患者，一定需要強調定期隨訪。